ПОИСК ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С ВЫСОТОЙ В ХОЛКЕ У ОВЕЦ ПОРОДЫ ДЖАЛГИНСКИЙ МЕРИНОС
DOI:
https://doi.org/10.25930/2687-1254/010.1.14.2021Ключевые слова:
овцеводство, джалгинский меринос, полногеномный поиск ассоциаций, однонуклеотидные замены, GWAS, SNP, гены-кандидаты.Аннотация
Полногеномный анализ ассоциаций является современным и мощным инструментом, позволяющим идентифицировать полиморфизмы и локусы, связанные с хозяйственно-значимыми признаками продуктивных животных. Актуальным является поиск генетических маркеров, относящихся к особенностям экстерьера. В статье представлены данные, полученные при проведении полногеномного поиска ассоциаций для показателя «Высота в холке» у овец породы джалгинский меринос. Генотипирование животных проведено с использованием ДНК-биочипов OvineInfinium
HD BeadChip 600K. Контроль качества генотипирования, а также полногеномный анализ ассоциаций выполнен с использованием программного обеспечения PLINK V.1.07. Визуализация и построение графиков производились с помощью пакета «QQman» на языке программирования «R». В результате проделанной работы выявлено пять однонуклеотидных замен, преодолевших порог достоверности – log10(p) = 5. Полиморфизмы rs417213266 и rs406848373 расположены в области интронов белоккодирующих генов, замены rs400877889, rs425204656, rs402179120 – в межгенных
областях. Наибольший уровень достоверности ассоциаций выявлен для полиморфизма rs417213266, находящегося на первой хромосоме. На основании проведенных исследований предложено 6 новых генов-кандидатов, ассоциированных с высотой в холке у овец породы джалгинский меринос: OLFML2B, RIMS2, CAAP1, LOC105612031, SF3B5, STX11. Перечисленные гены выполняют ряд важных биологических функций, в том числе участвуют в регуляции обменных процессов. Дальнейшие исследования должны быть направлены на подтверждение влияния предложенных генов-кандидатов на фенотип животных, а также на доказательство связи полиморфизмов rs417213266, rs406848373, rs400877889, rs425204656 и rs402179120 с экстерьерными показателями овец.